Shion no Ou opowiada historię Yasuoki Shion, 13-letniej graczki shogi z tragiczną przeszłością. Gdy miała pięć lat, na jej oczach brutalnie zamordowano jej rodziców. Morderca usiadł przy niej i wyzwał ją na partię shogi, wcześniej mówiąc, że jeśli chce przeżyć, powinna zapomnieć, jak się mówi, i zapomnieć o tym, co wydarzyło się tamtej nocy.
Teraz niema, lecz silna Shion wkroczyła do świata kobiecych zawodowych kishi. Im większe zainteresowanie budzi jej gra, tym więcej pytań pojawia się o jej przeszłość i o brutalne morderstwo, którego była świadkiem. Wspomnienia Shion powoli wracają, a tajemnica zaczyna się rozplątywać nitka po nitce.
