Podobnie jak poprzednia część, Zoku Natsume Yuujinchou opowiada o Natsume Takashim, chłopcu, który od dziecka potrafi widzieć youkai, oraz o chroniącym go youkai Madarze, zwanym Nyanko-sensei. Natsume próbuje zwracać youkai ze swojej wioski imiona zapisane w Księdze Przyjaciół, którą odziedziczył po babci Reiko. W trakcie tych przygód spotyka youkai przyjazne, takie, które chcą ukraść Księgę Przyjaciół, i takie, które chcą go zabić. Po drodze Natsume dowiaduje się czegoś o sobie i o swojej relacji z youkai.
(Źródło: MAL Rewrite)