Toaru Kagaku no Railgun S

W Academy City dzieje się coś złowrogiego. W cieniu krążą szepty o organizacji, która klonuje uczniów obdarzonych supermocami, zwanych esperami. Wysoko postawiona mistrzyni elektryczności, Mikoto Misaka, zbywa te opowieści śmiechem, dopóki nie staje twarzą w twarz z własną kopią. Gdy dowiaduje się, że te klony, jej siostry, są systematycznie mordowane w serii eksperymentów mających zmienić sadystycznego zabójcę w najsilniejszego espera w historii, Misaka przysięga ocalić swoje kopie i zniszczyć organizację odpowiedzialną za projekt.

Gdy Misaka szykuje się do starcia z żądnym władzy esperem organizacji, odkrywa, że nie była jedyną ofiarą naukowych sił spiskujących w mieście. Na to Misaka i dziewczyny z Judgement po prostu nie pozwolą.