Koukaku Kidoutai ARISE: GHOST IN THE SHELL - border:1 Ghost Pain

Akcja anime rozgrywa się w 2027 roku, rok po zakończeniu czwartej wojny nienuklearnej. New Port City wciąż nie otrząsnęło się ze skutków wojny, gdy dochodzi w nim do zamachu bombowego spowodowanego przez samobieżną minę. Następnie zostaje zastrzelony wojskowy zamieszany w łapówki związane z handlem bronią.

W trakcie śledztwa Daisuke Aramaki z Sekcji Bezpieczeństwa Publicznego spotyka Motoko Kusanagi, cyborgową hakerkę klasy czarodzieja przydzieloną do wojskowej 501. jednostki tajnej. Batou, mężczyzna z „okiem, które nie śpi”, podejrzewa, że to Kusanagi stoi za zamachem. Detektyw Togusa z prefekturalnej policji Niihamy prowadzi dwie własne sprawy: śmierć od postrzału oraz morderstwo prostytutki. Samą Motoko obserwują szefowa 501. jednostki tajnej, Kurutsu, oraz cyborgowi agenci.