Kaito Kuroba jest zwyczajnym nastoletnim uczniem, a jego ojciec często bywa nieobecny. Gdy ojciec umiera w tajemniczych okolicznościach, Kaito poznaje jego tajną tożsamość: był słynnym międzynarodowym przestępcą znanym jako Międzynarodowy Przestępca 1412: Widmowy Złodziej. Dowiaduje się też, że ojca zamordowała tajemnicza organizacja, ponieważ odmówił im pomocy w odzyskaniu „Klejnotu Pandory”, mistycznego kamienia, o którym mówi się, że podczas przelotu pewnej komety (często nazywanej kometą Volley) roni „łzę”, której spożycie daje nieśmiertelność.
Kaito poprzysięga, że nie dopuści do tego, by organizacja zdobyła nieśmiertelność, przyjmuje tożsamość ojca i wyrusza na poszukiwanie klejnotu. Jedyne wskazówki co do położenia klejnotu są takie, że w blasku pełni księżyca jarzy się na czerwono i że jest dubletem: klejnotem ukrytym wewnątrz większego klejnotu. Musi to więc być stosunkowo duży kamień o dziwacznej historii, zawsze przechowywany w miejscu, do którego nigdy nie dociera światło księżyca. Kaito wyszukuje zatem słynne, bezcenne klejnoty o osobliwych historiach, kradnie je z niezwykle dobrze strzeżonych miejsc i zawsze zwraca je tuż po najbliższej pełni księżyca.
