Jest rok 1983. Zimna wojna trwa pełną parą, a ludzkość znalazła się pod atakiem. Dziwni obcy, którym nadano nazwę „BETA”, zstąpili na Ziemię i niszczą wszelkie życie. Żołnierzom powierzono pilotowanie wielkich kombinezonów bojowych zwanych Tactical Surface Fighters (TSF), by odeprzeć obcych najeźdźców, ale front powoli cofa się ku ocalałym miastom.
Schwarzesmarken opowiada historię Theodora Eberbacha i pozostałych członków 666. eskadry TSF Schwarzesmarken (Czarne Znaki), bezwzględnej jednostki, która przedkłada wykonanie misji nad ludzkie życie. Stacjonująca w Niemczech Wschodnich na linii Odry i Nysy jednostka, którą dowodzi bohaterka wojenna, kapitan Irisdina Bernhard, specjalizuje się w kontratakach na BETA klasy laserowej. Ale 666. eskadra zyskuje więcej wrogów niż tylko siły obcych, gdy dołącza do niej optymistyczna rekrutka Katia Waldheim i ściąga uwagę wschodnioniemieckiej tajnej policji, Stasi.
