Uczniowie wracają, gdy szkoła wznawia zajęcia na drugi semestr. Po wyczynach na wyspie podczas wakacji letnich klasa 3-E nadal szlifuje ostrza, mając na celowniku swojego nauczyciela, nieuchwytnego Koro-senseia. Mają jednak na głowie nie tylko jego, bo wrodzy zabójcy, zarówno dawni, jak i nowi, polują na podwyższoną nagrodę za głowę ośmiornicy.
Co więcej, rywale z klasy A oraz budzący postrach dyrektor gimnazjum Kunugigaoka stoją na drodze klasie E do osiągnięcia doskonałości w nauce. Wobec wszystkich tych przeszkód grupa musi nadal działać wspólnie, by pokonać wrogów i zrealizować cel, jakim jest skuteczne zabicie swojego nauczyciela.
