W tajemniczej przyszłości krystaliczne organizmy zwane Klejnotami zamieszkują świat zniszczony przez sześć meteorów. Każdy Klejnot otrzymuje rolę, aby walczyć z Lunarianami, gatunkiem, który atakuje ich po to, by roztrzaskać ich ciała i wykorzystać ich jako ozdoby.
Phosphophyllite, znany też jako Phos, to młody i kruchy Klejnot, który marzy o tym, by pomagać przyjaciołom w wysiłku wojennym. Zamiast tego ze względu na delikatną budowę polecono mu opracować encyklopedię. Gdy niechętnie zabiera się do tego zadania, spotyka Cinnabara, inteligentnego Klejnotu, którego z powodu żrącej trucizny wytwarzanej przez ciało zepchnięto do nocnych patroli na odizolowanej wyspie. Widząc, jak bardzo Cinnabar jest nieszczęśliwy, Phos postanawia znaleźć rolę, w której obaj odrzuceni Klejnoty znajdą radość. Houseki no Kuni śledzi starania Phosa, by być użytecznym i chronić innych Klejnotów.
