Ekscentryczny, samozwańczy szalony naukowiec Rintarou Okabe stał się cieniem dawnego siebie. Przygnębiony i straumatyzowany po tym, jak nie udało mu się uratować przyjaciółki, postanowił porzucić alter ego szalonego naukowca i żyć jak zwykły student. Otoczony przyjaciółmi, którzy niewiele wiedzą o jego doświadczeniach z podróżami w czasie, Okabe spędza dni, próbując w samotności zapomnieć o koszmarach swoich przygód.
Pracując jako recepcjonista na uczelnianym forum technologicznym, Okabe poznaje niską, zadziorną Maho Hiyajo, która
później okazuje się tłumaczką podczas prezentacji na forum, prowadzonej przez profesora Alexisa Leskinena. Przed osłupiałą publicznością Alexis i Maho ujawniają Amadeusa: rewolucyjną sztuczną inteligencję zdolną przechowywać wspomnienia człowieka i tworzyć jego doskonałą symulację, wraz z osobowością i dziwactwami. Po prezentacji, na spotkaniu z Maho i Alexisem, Okabe dowiaduje się, że oboje byli kolegami Kurisu z uniwersytetu i że stworzyli w Amadeusie jej symulację. Zatrudniony przez Alexisa do badania zachowania symulacji, Okabe dostaje szansę kontaktu z cieniem dawno utraconej drogiej przyjaciółki. Niebezpiecznie uwikłany w przeszłość, Okabe musi stawić czoła surowej rzeczywistości i ostrożnie lawirować wśród katastrofalnych konsekwencji zakłócania naturalnego biegu czasu.
