W roku 2012 Mu najechali Japonię. Były to istoty podobne do ludzi, pochodzące z innego wymiaru, o niebieskiej krwi.
W roku 2015 Tokio atakują najeźdźcy, których odpiera humanoidalna broń zwana Dolemem. W chaosie Ayato Kamina spotyka Reikę Mishimę, koleżankę z klasy.
Tego samego dnia atakują go funkcjonariusze rządowi, lecz na ratunek przychodzi kobieta o imieniu Haruka. Wyjaśnia, że Organizacja TERRA wysłała ją po niego i że Tokio zostało zapieczętowane w szczelinie czasowej, w której czas płynie trzykrotnie wolniej niż w świecie zewnętrznym.
Ayato ucieka przed Haruką do pociągu, gdzie ponownie widzi Reikę. Po przybyciu do Komnaty Rah podąża za nią do ogromnego jaja, z którego wykluwa się Dolem RahXephon. Gdy Reika śpiewa, na szczycie Dolema, który powstrzymał inwazję TERRA, pojawia się matka Ayato. W walce matka zostaje ranna, a Ayato na widok jej niebieskiej krwi ucieka z Tokyo Jupiter razem z Haruką.
