Trzecioklasistka Takamachi Nanoha usłyszała telepatyczne wołania o pomoc i natknęła się na ranną, mówiącą fretkę. Fretka okazała się Yuunem, archeologiem i magiem z innego świata, który przez przypadek rozsiał niebezpieczne Jewel Seeds po całej Ziemi. Nie mając sił, by je zebrać, Yuuno wrócił do postaci fretki i potrzebował kogoś, kto podjąłby się tego zadania za niego. Wręczył Nanohie czerwony klejnot i wyjaśnił, że dzięki niemu będzie mogła się przemienić i używać magii, by walczyć z potworami, które zagrażały im z powodu Jewel Seeds. Potwory to jednak najmniejsze z ich zmartwień, bo Yuuno i Nanoha nie są jedynymi, którzy chcą zebrać Jewel Seeds.
