Po wydarzeniach związanych ze sprawą Lost Logia Nanoha cierpliwie czeka na dzień, w którym znów spotka się z nowo poznaną przyjaciółką, Fate. Choć jest wyjątkowo potężną maginią, na Ziemi spędza zwyczajne dni w towarzystwie przyjaciół. Spokój zostaje jednak ponownie nagle zburzony, gdy Nanohę bez ostrzeżenia atakuje potężny mag. Grupa brutalnych magów atakuje wszystko, co ma magiczną moc, by osiągnąć własne cele. Nanoha i Fate wraz z przyjaciółmi Yuuno, Arf i Chrono oraz Biurem Administracji Czasoprzestrzeni muszą jeszcze raz połączyć siły, aby powstrzymać tych zbuntowanych magów przed krzywdzeniem kogokolwiek i czegokolwiek innego. Akcja rozgrywa się po pierwszym sezonie Lyrical Nanoha.
