Historia zaczyna się, gdy licealista Kazuki Muto ginie pewnej nocy, ratując tajemniczą dziewczynę przed potworem, po czym budzi się w szkolnym internacie, przekonany, że był to tylko sen. Wkrótce jednak przekonuje się, że sen wcale nie był snem, gdy ogromny, wężowaty potwór atakuje jego i jego siostrę. Tokiko Tsumura, dziewczyna, którą uratował, wyjaśnia, że potwór jest homunkulusem. To właśnie on zaatakował Kazukiego i zabił go, gdy ten ją ratował. Czując się jednak za niego odpowiedzialna, Tokiko przywróciła mu życie, umieszczając w jego piersi medalion Kakugane, który zastąpił serce.
Kakugane, jak wyjaśnia Tokiko, to alchemiczne urządzenie, które po aktywacji przybiera określoną formę zależną od tego, kto się nim posługuje, tworząc unikalny Buso Renkin. Tylko Buso Renkin potrafi zniszczyć homunkulusa. Dzięki temu Kazuki tworzy własny Buso Renkin („Sunlight Heart”, ogromna lanca). Wraz z Tokiko i jej własnym Buso Renkin („Valkyrie Skirt”, kosa kata) Kazuki włącza się do walki z homunkulusami i ich panem.
