Chisa Yukizome zaczyna pracę jako wychowawczyni 77. klasy superlicealistów Akademii Szczytu Nadziei. Tymczasem Hajime Hinata, uczeń szkolnego kursu rezerwowego dla osób bez talentu, przygotowuje się, by poddać się eksperymentowi, który ma uczynić z niego Super Nadzieję. Potem następuje seria tragicznych wydarzeń, które prowadzą do narodzin Resztek Rozpaczy i urzeczywistnienia „Największego, Najokropniejszego, Najtragiczniejszego Wydarzenia w Historii Ludzkości”.
Emisja odbywała się równolegle z Danganronpa 3: Mirai-hen, przy czym Mirai-hen zaczynało się jako pierwsze.
